در راستای ارتقا علمی تحقیقات در زمینه امر به معروف و نهی از منکر پژوهشکده امر به معروف و نهی از منکر اقدام به عقد تفاهم نامه همکاری علمی پژوهشی میان پژوهشگاه حوزه و دانشگاه کرده است. برخی از مفاد تفاهم نامه در دو بخش آموزشی و پژوهشی به قرار ذیل است.
پژوهشی
۱.معرفی اولویت های پژوهشی به یکدیگر در موضوعات مرتبط با فعالیت دو مرکز و همکاری در انجام مشترک آنها؛
۲. استفاده از امکانات و تجهیزات طرفین برای پیشبرد اهداف علمی، پژوهشی، آموزشی و سیاست گذاری در زمینه های دارای مزیت دو مرکز؛
۳. همکاری در طراحی و اجرای طرح های تحقیقاتی جدید علی الخصوص در زمینه هایی ک دو مرمز در انها دارای مزیت هستند؛ .
۴. همکاری و مشارکت در برگزاری نشست‌های مشترک علمی و کرسی‌های ترویجی و آزاداندیشی و همایش های علمی؛
۵. همکاری در طراحی و انجام فعالیت های علمی بین المللی با استفاده از توانمندی ها و ظرفیت های آموزشی و پژوهشی طرفین؛ .
۶. همکاری در انتشار مشترک آثار با درج آرم دو مرکز؛
۷. مشارکت در ترجمه و انتشار بین المللی آثار منتخب به زبان های خارجی مورد نیاز؛
۸.همکاری در برگزاری همایش های علمی
۹. برنامه ریزی و برگزاری جلسات مشترک گروه های مشترک پژوهشی و تبادل اطلاعات علمی و نیاز سنجی موضوعات پژوهشی؛ .
۱۰. تبادل اطلاعات علمی- پژوهشی مرتبط (کتب و آثار، مجلات و نشریات، مقالات، پایان نامه ها، نرم افزارها و بانک های اطلاعاتی)؛
آموزشی
۱.استفاده از ظرفیت اساتید و اعضای هیئت علمی و محققان دو طرف در تدوین متون آموزشی متناسب با نیازها و مأموریت های طرفین؛
۲. استفاده از توان و طرفیت های آموزشی در سطح تحصیلات تکمیلی طلاب و دانشجویان و همکاری در برگزاری دوره های اموزشی مشترک؛ .۳همکاری در برگزاری دوره های دانش افزایی پزوهشگران.