در راستای تبادلات علمی و آموزشی در زمینه امر به معروف و نهی از منکر پژوهشکده «امر به معروف و نهی از منکر» اقدام به عقد تفاهم نامه همکاری با معاونت پژوهش مرکز مدیریت حوزه علمیه نموده است. برخی از مفاد تفاهم نامه در دو بخش پژوهشی به قرار ذیل است.
۱. تقویت سیاست و برنامه ریزی های حمایتی جهت تولید و ترویج علم
۲. بهبود فرآیندهای تأمین، توسعه و توزیع متوازن منابع و زیرساخت های پزوهشی
۳. توسعه فرایندهای نیاز سنجی
۴. توسعه و تقویت رصد و پایش محیطی علم و دانش
۵. تقویت سیاست گذاری و برنامه ریزی های پژوهشی
۶. ارتقای نظام نظارت و ارزیابی علم و پزوهشی
۷. بهبود و ارتقای ساختارها و وانین پژوهشی
تقویت فرایندهای جذب، نگهداری و بکارگیری پژوهشگران
۹. نوآوری در شیوه ها و روش های جذب و ارتقاء پژوهشگران و حمایت از انان
۱۰. ارتقای فرآیندهای حمایت از پژوهشگران
۱۱. گسترش فرایندها و ارتقاء علمی، مهارتی و اخاقی پژوهشگران
۱۲. توسعه نظریه پردازی، آزدا اندیشی و کرسی های نواوری
۱۳. نواوری در شیوه ها و روش های تولید و ترویج علم
۱۴. ارتقاء و توسعه آثار علمی و پژوهشی
۱۵. ایجاد ظرفیت های پژوهشی جدید و توسعه و بهره گیری از فناوری های نوین در امر پژوهش
۱۶. ارتقاء استانداردهای پژوهش بر اساس راهبردهای پژوهش در حوزه
۱۷. توسعه فرآیندهای شناسایی و مواجهه با شبهات و جریانات علمی معارض
۱۸. گسترش تعاملات و بهره گیری از ظرفیت های سایر نهادها در امر پژوهش
۱۹. ارتقاء سطح بهره مندی جامعه علمی از ظرفیت های پزوهشی حوزه
۲۰. تقویت ارتباط با مخاطبان در برنامه ریزی و ارزیابی پژوهشی
۲۱. فعالیت های کاربردی و ترویجی